まず、ストーリーについてですが、一本道な上、ゲーム期間が長いわりにはヒロインとのイベントも少ないのが不満です。育成パートでヒロインに構っても、イベントが発生しない場合は同じ会話ばかりします。ヒロインの数は非常に多いですが、とても全員攻略しようとは思わないでしょう。最後の戦いの前夜にフラグの立っているヒロインと逢引し、敵を滅ぼして天下統一してめでたしめでたしという結末も物足りないです。前作（聖魔大戦）はルートによって主人公たちが敵方に寝返ったりして面白かったのですが・・・。前作はさておき、本作は主人公の掲げる強烈な理想論によって、徹底的に敵方の思想を否定しているので、ただ戦争して敵を滅ぼしたというだけというあまり印象に残りづらいストーリーになっています。こういう戦争を題材にしたストーリーでは、主人公側だけでなく敵側の「正義」にもスポットを当ててほしいです。
次に、戦の中で軍の大将同士が不自然に会話しているのはツッコまないとして、戦の中でもヒロインの服装が同じなのはどうかと思います。
また、このゲームはストレスがたまる点が多いのが難点です。
・育成パートでストレスがたまる。
単調な上、ゲームがすすむにつれ味方が増えるので、一人一人調整するのがめんどくさい。新ヒロインが増えて余計にめんどくさい。他の方の指摘どおり新ヒロインはストーリーにまったく関わらず、取って付けたカンジだし正直増やさないで欲しかった。
せめて全体でコマンドを一括操作したかった。
また、「ぼしゅう」コマンドを行うには戦闘において味方を死なせ、部隊に欠員が生じなければならないのだが、この際の戦闘パートの難易度設定が難しい。イージーだと絶対に死なないし、ノーマルだと敵が結構強くて苦戦する。「ぼしゅう」コマンドを選ばないと起こらないイベントを出すのに苦労する。
・戦闘パートでストレスがたまる。
場所や戦う相手をプレイヤーの操作で指示するのだが、ＣＰＵの頭が悪いので、段差があって回り込まないと先に行けない場合、それができないのが非常にイラつく。
そもそも敵軍はこちら側に闇雲に突っ込んで攻撃してくるだけで、すぐに大混戦になる。ただただ数的不利にならないように注意するだけで、戦略もクソもない。
・セーブ時間も長くてストレスがたまる。メモリーカードの容量もたくさん喰う。